提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
两岸妈祖宫庙“云”祈年:冀交流之路越走越宽******
中新社福建宁德1月23日电 (记者 叶茂)1月23日,农历正月初二,福建省宁德市霞浦县松山天后行宫携手台湾嘉义新港奉天宫、新北板桥慈惠宫,举办癸卯年新春祈年大典活动,两岸妈祖信众“云端”同祝福、共祈年。
活动现场,迎春祈年大典按照“祭天”“纳福”“祭典”传统习俗进行,其中妈祖祭典按照迎神、读祈告文、行三献礼、送神等传统礼仪依序展开,信众统一着装,身披绶带,虔诚祈福。
嘉义新港奉天宫董事长何达煌在连线中说,妈祖是两岸同胞共同敬仰的“海上和平女神”,是维系两岸同胞感情的心灵纽带。“两岸同根同源,因为有妈祖,我们越走越亲。”
作为妈祖信俗的重要传播地,霞浦松山天后行宫是大陆现存历史悠久、规格较高的祭祀海神庙宇,距今已有千年历史。据考证,这是继湄洲妈祖祖庙之后的第一个妈祖行宫,故有“妈祖行宫之尊”的美誉,是福建省第六批省级文物保护单位、宁德市对台交流基地。
近年来,霞浦松山天后行宫开展了30多次两岸妈祖文化交流活动,先后与百余家台湾妈祖宫庙和机构建立常年联系,对台交流活跃。
“妈祖文化在密切两岸民众感情、推动两岸关系和平发展中,有着重要作用。”霞浦县松山天后行宫董事会秘书长陈杰表示,希望通过妈祖文化,两岸民间交往愈发热络,两岸交流之路越走越宽。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)